教務處主要處理基礎學位課程及教牧進修課程的教務工作，當中包括學生請假申報、各項教務申請、畢業申請等。聯絡請電郵至 absdean@abs.edu 。
本院的學位制度概況如下：
A. 學季制度
每學年分成三學季，每學季以十周計算。每年約於9月上旬開學，次年6月底結束，每學季之間設一假期。
B. 註冊入學
為配合課程進度，基督教研究學士及道學碩士結合課程、道學碩士（三年制）、道學碩士（主修跨越文化研究：學制與工場實習結合課程）、道學及婚姻與家庭輔導雙學位（四年制）、神學碩士（修科式四年制）課程及主修婚姻與家庭輔導的新生必須於每年9 月入學。凡欲在 9 月以外的任何時間入學者，必須事先徵得教務委辦會特別許可。若學生中途因事停學而欲重回學院繼續修讀，當先與教務主任磋商。如註冊科目有任何更改，須於每學季第一周上課時間內辦理。
C. 轉校及學分承認
本本院接受其他學院學生轉讀本校的申請，惟曾修讀的科目及學分，須經教務主任審核，方可獲得承認。轉換學分及學科總數，不得超逾整個課程的一半。
D. 學規
1. 住宿規定
本院相信宿舍羣體生活可促進學生全面成長。因此，凡修讀基督教研究學士及道學碩士結合課程、道學碩士（三年制）、道學碩士（主修跨越文化研究：學制與工場實習結合課程）、道學及婚姻與家庭輔導雙學位（四年制）、神學碩士（修科式四年制）的單身同學必須在學院住宿。本院亦鼓勵（非規定）已婚同學定期在學院留宿一至兩晚，或搬到長洲居住，以便更投入校園生活。
2. 上課
學生必須出席所有選定課程的課堂，凡缺席者須向院方請假。任何科目缺席超過課程的規定，該科將不獲學分。
3. 作業
學生每上課一小時，必須在課外用兩小時作準備及完成作業。倘若學生發現無法應付功課的要求，教務主任當指導學生減少修讀科目，並延長在學院就讀的時間。
4. 修讀學分的限度
全時間學生每學季所修的學分，以不超過12 學分（即四個 3 學分的科目）為限。平均積點達3.3 或以上者，每學年可多修 3 學分。
5. 學分計算
1學分相當於每學季十周，每周一課堂，每課堂五十分鐘。
6. 考試
如學生不能在規定時間內參加考試，可在徵得老師同意下，向教務處要求准予個別另試。
7. 讀經規定
在第二學年結束前，學生必須讀完整本聖經一次。
8. 評分制度
| 等級 | 每學分得積點 | 表示成績 | 參考分數 |
| A | 4.0 | 優異 (Excellent) | 94-100% |
| A- | 3.7 | 90-93% | |
| B+ | 3.3 | 良好 (Very Good) | 87-89% |
| B | 3.0 | 83-86% | |
| B- | 2.7 | 理想 (Satisfactory) | 80-82% |
| C+ | 2.3 | 77-79% | |
| C | 2.0 | 一般 (Average) | 73-76% |
| C- | 1.7 | 70-72% | |
| D+ | 1.3 | 67-69% | |
| D | 1.0 | 欠佳 (Poor) | 63-66% |
| D- | 0.7 | 僅及格 (Minimum Pass) | 60-62% |
| F | 0 | 不及格 (Fail) | 59%或以下 |
W 在可諒解的情況下中途退選科目，成績不計入總積點。
WF 中途退選科目，成績與 F 等級相同。
I 功課未完成。學生必須在教務處批准的延期時限前完成功課，否則成績自動轉為 F 等級。
9. 畢業要求
學生須在修讀期限內，修畢課程指定的學分，並達成實習及生活上的要求。各課程畢業總平均積點要求如下：教牧學博士及神學碩士課程(3.0)、其他碩士及文憑課程(2.7)、學士及證書課程(2.0)。總平均積點的計算，並不包括轉入學分的成績。
本院之證書、學士、文憑、碩士及博士課程，極大部份已獲亞洲神學教育協會(Asia Theological Association, ATA) 及東南亞神學教育協會(Association for Theological Education in South East Asia,ATESEA) 鑑定，合符國際認可標準。本院亦為香港神學教育協會(Hong Kong Theological Education Association, HKTEA)成員。