輔導系開辦三個教牧高等學位課程，為教牧同工提供進深學習婚姻與家庭事工的機會，期望幫助他們：
- 強化在婚姻與家庭事工中的專業訓練和信仰實踐，不單提升牧養效能，更能持續追求個人靈性更新
- 並透過整合三個專業知識領域，包括心理輔導、婚姻家庭和宗教信仰，嘗試建立適切於本地處境的家庭事工。
ThM-MFC 神學碩士 (主修婚姻與家庭輔導)
- 此課程專為道學碩士後進修之教牧同工而設，目的是訓練牧者深入了解和認識華人婚姻及家庭的複雜性，以能敏銳地關注婚姻及家庭的需要，並作出適切而合乎聖經與神學原則的關懷及牧養。
- 課程共36學分（除先修科#外），包括3科輔導科、2科信仰整合科、2科選修科、一年150小時的實習及研究專文。
#先修科包括：輔導理論、全人發展、家庭系統理論。
DMin-MFC 教牧學博士 (主修婚姻與家庭輔導)
DMin-MFS 教牧學博士 (主修婚姻與家庭事工)
- 本課程為有相關事工/牧會經驗的教牧同工而設，目的是探討宗教信仰和家庭生活的關係，從不同角度，深入理解現代婚姻和家庭面對的挑戰和壓力，並嘗試建立具有影響力的家庭事工，在不確定的世代中，持續幫助家庭發揮功能，見證上帝的恩典和大能。
2023.8.28 更新(GC)